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师生协作,探索高性能计算学科能力交付新途径

日期:2022-11-12文章来源:图书信息中心

学校高性能计算共享服务平台,在积极统筹校内算力资源,做好“资源交付”的同时,也积极探索“能力交付”的不同途径,通过立体交互的交流学习方式,在基础培训的基础上,联合我校学生助管,围绕不同基础、不同学科的实际应用使用,组织了多个专场经验分享会。

高性能平台工程师根据物质、生命和信息学科日常用户的问题和反馈情况,结合专业的研究场景,向参会者分享具体学科内的专业软件在高性能计算平台上的安装、使用及案例演示。为结合实际应用场景,相关培训的实训演练环境通过科研计算自服务平台的资源共享功能交付,缩短了实训演练与实际使用场景的差异。

此次分享交流会邀请四位同学参与,他们均是本学年图信中心高性能平台的学生技术助管,他们将在导师指导下习得的技术本领,消化、吸收、整合、分享给同学们。助管们纷纷表示,在准备workshop的过程中,通过对自己所学到的知识、技能和经验的梳理,加深了自己对集群使用的理解,担任平台助管,也让自己学到了很多作业调度、策略管理等知识,能够通过workshop分享这个机会,帮助到一些同学,自己得到锻炼的同时也有满满的成就感。

信息学科方向,1020日下午,生物医学工程学院马智炜组的张越同学以第一用户的视角演示了常用的学科软件fsl、matlab在集群上如何调用可视化界面以及分享了在slurm调度系统上提交作业的经验。图信中心工程师孙思思老师针对部分用户的使用痛点,讲解了如何通过各种对应的命令来查看目前集群节点的使用情况,以此来申请合适的计算资源,便于资源充分利用并且作业可以快速计算。并根据用户需求,介绍了gpu作业脚本的编写及如何通过conda来管理使用python等软件,以此来避免权限和包依赖的问题。

线上分享会-Slurm调度系统的使用

物质学科方向,1027日下午,物质学院李刚组的胡珈瑜同学在去年的VASP软件安装使用经验分享会的基础上向参会同学继续分享了VASP输入文件的准备经验,以具体案例来分析任务规划、参数设置、数据准备以及如何通过mpi并行来加速VASP计算。本次分享会使整体的软件使用介绍更完善,还扩展了VASP并行加速计算方法介绍。

物质学科经验分享交流会现场

生命学科方向,114日下午,许文青组的熊星宇同学和白芳组的杨皓同学分别给大家分享了计算结构生物学的常用软件Rosetta以及RosettaPython接口Pyrosetta在高性能集群里的安装与使用经验。根据培训需求,现场设计了实操演练环节,参会人情绪高涨,现场气氛热烈。分享会后随机访问了几位参会同学,同学表示,分享会已经把一个软件从安装到使用讲解的非常清晰明确了,接下来就是自己要结合科研任务进行学习和尝试下。

生命学科经验分享交流会现场

学校高性能计算共享服务平台不仅是一个资源交付平台,也将成为一个提升用户科研计算方面素养的学习和交流平台,希望有更多的科研计算用户分享自己的使用经验,共同提升平台资源的使用效能,营造更积极的学术氛围,平台也将在过程中不断完善和提供更优质的服务。