高性能计算作为强化数字转型、智能升级、融合创新的支撑工具,在当前新范式下的科研活动开展过程中,更多的科研工作者会直接或间接地使用高性能计算,相关计算软件的使用也成为研究人员具备的重要技能之一。
目前上海科技大学高性能计算共享服务平台,共支持了158个课题组,631个用户,累计支持科研成果产出307篇。其中21年至今新增用户211人。面向新增用户,不少都是刚接触高性能计算的学生,图书信息中心通过多种形式活动的开展,支持用户快速地使用高性能计算平台和满足多维度的需求,致力于做好平台的技术支撑、资源调配,提升用户使用体验,支撑科研进展和成果产出。
10月21日下午,学校高性能计算共享服务平台举办了使用入门培训。通过讲解,用户对高性能计算有了一个初步的认知;同时,对学校平台资源的建设情况和进展、申请方法、使用注意事项等也有了基本的了解;最后通过实践操作,结合实训平台提供的资源,为参培用户提供了包括投递任务、软件编译、软件运行的实践环境,为用户快速使用平台提供了基础。
图1 高性能计算平台使用培训
面向有使用经验的用户,为进一步提升平台用户的使用效率, 10月14日,平台邀请有相关软件使用经验的平台用户与GPU的技术工程师一起,围绕使用GPU加速分子动力学模拟软件进行了研讨。会上,用户代表积极介绍了各自课题组目前使用GPU加速计算过程中遇到的难点和问题,并分享了当前使用GPU过程中的使用经验;工程师根据用户提出的问题,在软件优化、基础框架选择、资源选型等方面做了解答,分享了现场用户关心的一些正在使用或准备使用的科研分析软件在GPU加速方面的相关资讯,为课题组后续计算相关的科研任务开展,提供了一些思路。
图2 使用GPU加速分子动力学模拟软件的讨论会
同时,学校高性能计算共享服务平台的资源建设,秉承着“统筹规划、资源共享、购方优先、动态调配”的运行原则进行管理,图书信息中心为了让用户充分了解相关情况,向用户和新建资源方详细的讲解学校高性能计算资源统筹的相关内容。10月14日,向生物医学工程学院专题介绍了学校集群的使用说明会。
图3 生物医学工程学院集群用户说明会
学校高性能共享服务平台一直在不断优化用户服务,针对不同的情况,不同的需求,通过多种形式、多角度的提供培训和分享经验。接下来,图信中心高性能共享服务平台还会就各个学科,深入学院,联合平台助管作面向高性能学科使用需求的workshop,重点就各学科的使用进行深层次介绍和现场答疑。欢迎有兴趣的师生届时踊跃参与。
Workshop | 时间 | 内容 |
物质学科 | 2021.10.28 | vasp编译及使用 Lammps编译及使用 |
信息学科 | 2021.11.04 | 如何在高性能平台训练一个神经网络 1.Anaconda包管理系统的安装 2.网络训练任务的提交、查看和跟踪 3.基于pytorch的模型训练实战 |
生命学科 | 2021.11.25 | 1.R入门与教程分享 2.转录组数据分析-DESeq2下游分析 3.单细胞测序数据分析-基于Seurat软件教程 |