Q: 高性能平台有什么注意事项？

A: 可参考注意事项

Q: 用户账号没有root权限，无法使用sudo命令，无法使用root权限安装软件。

A: 用户可以在自己的目录下安装使用大部分软件。软件安装过程中有任何问题都可及时联系。

Q: 如何登录集群。

A: 登录集群演示（由信息学院，叶崇南同学提供）。

Q: 如何提交一个作业。

A: 提交作业演示（由信息学院，叶崇南同学提供）。

Q: 能否实时看到项目进展？

A: 可通过命令qstat 来查看作业状态。

Q: 能否实时看到任务进展？

A: 可通过命令qstat 来查看作业状态。

Q: 为何提交作业后总是无法正常运行？

A: 建议先检查用户目录下的.ssh目录（删除或mv ～/.ssh ～/.ssh.bak），如果还是提交任务后直接报错，请检查家目录（～/）所在路径的权限(不得设置为777)，如还有问题请联系管理员。

Q: 提交作业出现如下错误：qsub: submit error (Job rejected by all possible destinations (check syntax, queue resources, ...) MSG=cannot route job 1541101.node1)

A: 一般情况队列名称出错，请核对计算队列名称。如需要确认队列名，请联系管理员进行排查。

Q: 脚本中的walltime的单位和qstat查看的时间单位是不是一样的？是不是HH:mm:SS?

A: 时间单位是一样的HH:MM:SS，但是qstat显示的是核小时，即单个核的运行时间*所使用核数，也就是作业实际运行时间*所使用核数。

Q: 如何使用集群的图形界面，有没有相关的教程资源？

A: 使用X11转发功能，只需选择合适的工具即可。

Windows下：

直接下载使用MobaXterm （https://mobaxterm.mobatek.net/）登陆工具，访问登录节点，即可使用X11转发功能。

Mac下：

下载安装配套软件XQuartz https://www.xquartz.org/，再使用自带的SSH登陆10.15.22.111，即可使用X11转发功能。

可参考X11转发设置演示（由信息学院，叶崇南同学提供）

Q: 如果课题组需要在服务器上安装软件包，是需自行安装还是请图信中心帮助安装呢？

A: 学校集群安装了基础的运行软件、编译器和数学库，用户可在自己目录下安装编译相关软件，安装过程中有任何问题可以及时联系平台管理员。

Q: 提交作业后为何队列名与实际运行队列名不同。

A: 是正常显现：

1) 队列属性可能为route队列的情况下，调度系统会根据提交作业资源需求，根据策略设置流转到合适资源的队列内进行计算；

2) 可能管理员，根据资源情况，调配相关排队任务到相对空闲的资源队列下，以保证整体资源的高效可用。

Q: 我自己编译的软件，需要在配置文件里写入队列信息，如何获取？

A: 可检查账号开设时的通知邮件，或联系管理员。

Q: 如何在hpc上使用matlab engine？

A: 1）登陆10.15.22.111

    2）module add apps/matlab/r2016

    3）module load apps/python/3.5.9

    4）cd /opt/MATLAB/R2016b/extern/engines/python

    5）python setup.py build --build-base=builddir install --prefix=installdir （路径自己设定）

    6）python

    7）import matlab.engine

    8）engine = matlab.engine.start_matlab()

Q: 编译或运行过程中提示：缺少'GLIBC_2.14' 版本库（或更高的GLIBC库）。

A: 可以加载module load apps/glib/2.14

如果依然报错，建议将作业参考一下的作业提交方式将作业提交到Centos7的计算节点上。

例：#pbs -l nodes=1:ppn=1:centos7

同样，这样的方法也可以适用于将作业提交到特定设备类型的节点上：

例：#pbs -l nodes=1:ppn=7:gpus=1:V100

具体属性参数，可通过pbsnode <节点名>了解具体内容。

Q: 如有大量数据样本需要处理，或者需要分析的任务规模很大，超出可用资源，如何开展计算任务？

A: 在任务设计方面，可以通过分割、串联等多种方式，将任务分解后进行。建议参考链接：https://hpc.llnl.gov/training/tutorials/introduction-parallel-computing-tutorial#DesignPartitioning

Q: 如何将计算相关文件上传集群。

A: 与集群传输文件演示（由信息学院，叶崇南同学提供）。

Q: environment modules如何使用。

A: Environment Modules的使用演示（由信息学院，叶崇南同学提供）。

Q: 如何在集群使用Matlab？

A: 可参考：

集群版matlab使用介绍（由物质学院，魏旗同学提供）。

Q: 如何在Slurm集群使用Matlab？

A: 可参考：

Slurm集群版MATLAB 2021B 使用步骤

Q: 如何编译安装VASP。

A: 编译配置文件可用makefile.include，替换源码包内对应的makefile.include。具体编译过程可参见物质学院常用软件编译及使用-vasp-2021（由物质学院，魏旗同学提供）。

GPU在部分体系下有运行效率的提升，具体可参见：GPU Accelerated VASP Test Report（由物质学院，魏旗同学和信息学院高龙同学合作完成测试）。

Q: 如何编译安装lammps。

A: 具体编译过程可参见物质学院常用软件编译及使用-lammps-2021（由物质学院，刘晓迁同学提供）。

Q: VASP 6.1.0版本编译报错及解决。

A: 可参考vasp6.1.0版本编译报错解决（由物质学院，魏旗同学提供）。

Q: Schrodinger如何使用。

A: 可参考Schrodinger Simple Manual-薛定谔使用基本介绍（由免疫化学所，王林同学提供）。

Q: Tensorflow-GPU如何在集群上安装？

A: 可参考Tensorflow-GPU 集群安装指南-谢松杰（由信息学院，谢松杰同学提供）。

Q: 如何通过MAC登录集群？

A: 可参考高性能平台Mac登陆手册（由信息学院，谢松杰同学提供）。

Q: 生命学院常用软件介绍？

A: 可参考生命学院常用软件介绍（由生命学院，宋敏芳同学提供）。

Q: 生命学科单细胞分析经验分享？

A: 可参考生命学科单细胞分析经验分享（由生命学院，宋敏芳同学提供）。

Q: 集群安装R包？

A: 可参考Unix like R-4.1.1 install（由物质学院，刘晓迁同学提供）。

Q: 如何编译siesta？

A: 可参考siesta编译（由物质学院，魏旗同学提供）。

Q：如何在集群上训练神经网络？

A: 可参考神经网络在HPC上的训练（由信息学院，谢松杰同学提供）。

Q：如何在集群上安装使用conda？

A: 可参考Conda在集群里的安装和基本使用（由信息学院，谢松杰同学提供）。

Q:  如何在集群上安装使用Rosetta？

A: 可参考Rosetta集群安装与使用（由生命学院，熊星宇同学提供）。

Q:  如何在集群上安装使用PyRosetta？

A: 可参考PyRosetta集群安装与使用简介（由生命学院，杨皓同学提供）。

Q:  Slurm调度系统如何使用？

A: 可参考20230420-高性能集群的介绍与使用-slurm调度系统.pdf。

Q:  如何在集群里使用Julia？

A: 可参考Julia简易教程之BioStructures.pdf （由生命学院，杨皓同学提供）。

Q:  如何在集群上安装Pytorch？

A: 可参考集群上安装Pytorch指南.pdf（由生命学院，杨皓同学提供）。

Q:  如何在集群上安装使用高斯？

A: 可参考高性能常用软件高斯的介绍与使用.pdf（由物质学院，温馨同学提供）。

Q:  如何在集群上使用PWmat？

A: 可参考高性能常用软件PWmat的介绍与使用.pdf（由物质学院，郑彩虹同学提供）。

Q:  如何在集群上使用QE？

A: 可参考高性能常用软件QE的介绍与使用.pdf（由物质学院，谢天烨同学提供）。

Q:  如何在集群上使用gromacs？

A: 可参考分子动力学模拟程序gromacs介绍与入门案例.pdf（由生命学院，杨皓同学提供）。

Q:  如何在集群上安装使用SCHRODINGER？

A: 可参考SCHRODINGER在集群的安装与使用示例.pdf（由生命学院，杨皓同学提供）。

Q:  如何在集群上申请交互式节点使用jupyter notebook？

A: 可参考在torque调度系统上申请交互式节点使用jupyter notebook.pdf。

Q：如何在集群上使用RNA测序数据比对软件STAR

A：可参考RNA测序数据比对软件STAR原理及应用.pdf （由生命学院 马帅同学提供）。

Q:  注意事项？

A:1. 用户使用计算平台过程中，应教育和管理参与使用的所有人员，应自觉遵守平台管理办法、积极与平台沟通联系，共同维护平台环境。

2. 用户应自觉遵守有关保守国家机密的各项法律规定，不利用高性能计算资源泄露国家机密，或从事违法犯罪活动，原则上不在学校平台的公共存储空间上存放涉密数据。

3. 用户应妥善保管账号，不得向未经批准的任何第三方传递或泄漏账号，不得将账号用于与申请事项无关的活动。

4. 不使用软件的或硬件的方法窃取他人口令，非法入侵他人账户，阅读他人文件，窃取他人计算和研究成果或受法律保护的资源。

5. 自觉遵守国家有关保护知识产权的各项法律规定，不在学校集群上擅自复制和使用未经授权的程序和文件，擅自传播或拷贝享有版权的软件，责任自负。

6. 用户应当具备数据备份的意识，应及时对关键数据进行备份。

7. 用户提交的作业的资源申请，应尽可能保证提请的作业资源需求合理，避免无效占用资源。

8. 用户在使用中遇到软硬件方面问题或运行环境的其他问题，可及时与管理员沟通，一同改善系统。

9. 登录节点用于提供用户上载文件、管理文件、编辑脚本以及检查或管理作业用途。在使用登录节点时，应避免在登录节点运行高资源占用的任务（如：直接运行计算作业等），以避免对其他用户的任务开展造成影响。

10. 对于严重违反规定、严重影响其他用户使用或造成重大损害的用户或行为，图书信息中心保留终止服务的权利；对造成重大损失或事故的用户或行为，将按相关规定进行处理。