平台概况

1.平台简介

上海科技大学高性能计算平台自2017年7月1日正式投入运行以来，截至2024年12月27日，已对接学校公共服务器资源（公共资源）和院所参与共享统筹的服务器资源共计740台。其中，物理CPU节点405台，物理GPU节点309台，虚拟CPU节点26个。单精理论峰值处理能力方面，CPU节点处理能力0.76Pflops，GPU节点处理能力26.68Pflops，目前可用科研计算存储容量9.3PB，人工智能计算专用存储3.7PB。

2.硬件资源概况

平台提供预装软件，可通过ENVIRONMENT MODULES、Anaconda或Singularity来切换自己运行程序所需的运行环境。

2.1ENVIRONMENT MODULES

ENVIRONMENT MODULES可以帮助用户在公共平台上调用预装的软件包或切换拟调用的版本。每个ENVIRONMENT MODULES都是可以加载或卸载环境设置。用户也可以根据自己需要编写自己的模块配置文件。

命令

功能

module use [PATH]

将[PATH]下的文件添加到模块列表中

module avail

列出所有模块

module load [MODULE]

加载[MODULE]

module unload [MODULE]

卸载[MODULE]

module whatis [MODULE]

显示有关[MODULE]的基本信息

module info [MODULE]

显示有关[MODULE]的详细信息


2.2Anaconda

Anaconda 是一个用于科学计算的 Python 发行版，支持 Linux、Mac、Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。其使用conda系统进行包管理。区别于 virtualenv（Python 环境管理工具） 的地方是 Conda 不仅可以管理环境，还可管理 Python 的版本，创建独立环境只是 conda 的一个功能，它还是可以安装库。Conda 在安装一些依赖 C、C++的 Python 库时特别方便与流畅。比如：Numpy、Pandas、等一些数据库驱动，直接通过命令就可以安装，不需要额外自行编译、安装 C 库。因此，Conda 在 Python 安装依赖于其它语言的 Python 库表现极佳，多用于 Python 的科学计算和数据分析的环境搭建、管理。

2.3 Singularity

Singularity 是⼀种器技术，可让⽤户在不同的计算机上⾏相同的应⽤程，⽽不需担心环境差异。Singularity与Docker功能相似，但是相比docker需要root权限，或者专门添加用户组，Singularity在非root时也可以使用，且轻量级、修改方便。

Singularity的主要概念包括：

1） ‌容器‌：一个包含用户软件和依赖的镜像系统，可以独立运行一条或多条命令。Singularity没有镜像的概念，用户创建和运行的都是一个一个容器‌。

2） ‌SIF‌：压缩后的只读Singularity镜像文件，是生产使用的主要形式。

3） ‌Sandbox‌：可写的容器存在形式，是文件系统中的一个目录，常用于开发或创建自己的容器。


常用操作指令如下：


命令

功能

singularity pull [library]://[image]

从[library]拉取镜像[image]

singularity build [image_file] [library]://[image]

从[library]下载[image]并保存成[image_file]的容器文件

Singularity run [image_file].sif

运行[image_file]的容器

singularity exec [image_file].sif [command]

在容器[image_file]中执行指令[command]

singularity exec [image_file].sif

以命令行交互方式运行容器

singularity run --nv -B /path/to/your/data:/data [image_file].sif  [command]

调用GPU容器[image_file]，同时将系统/path/to/your/data目录映射为容器/data目录，执行命令[command]


更多相信信息可参见Singularity的网站（链接：https://apptainer.org/documentation/）查找相关信息。

2.4其他软件

平台目前配置的是Linux的操作系统，提供了基础的运行环境和常用的运行编译环境（已预装的常用软件可参见：常用软件），用户可自行编译大多数的基于Linux操作系统的软件应用。

同时用户在部署和使用过程中，应遵守软件的授权协议进行使用，在部署安装过程中，如遇到问题，对于符合授权协议的软件，可联系管理员寻求协助。（数据统计截至到2024年12月27日）


业务负责人：张迎冬

联系方式：20685418   zhangyd@shanghaitech.edu.cn

高性能工程师：孙思思

联系方式：20684830   sunss@shanghaitech.edu.cn

高性能工程师：孙颖彬

联系方式：20684819   sunyb@shanghaitech.edu.cn