【Workshop】高性能计算-生命学科-workshop
时间:2022.11.04(本周五) 14:00-16:00
地点:生命学院542
内容:
高性能常用软件-Rosetta/PyRosetta集群安装与使用简介
一、Rosetta
Rosetta是计算结构生物学的重要软件,包含了蛋白质结构建模和分析的多用采样算法和打分函数,可以应用于蛋白质从头设计、酶设计、分子对接以及大分子复合物结构预测等领域。本次workshop主要介绍Rosetta在集群上的安装、基本功能,并会结合pymol的部分操作进行案例展示。
1.Rosetta简介
2.Rosetta的集群安装
3.pymol使用简介,input处理
4.案例展示(Fastdesign,蛋白对接,loop model)
二、PyRosetta
Rosetta是常用的蛋白质结构建模和分析的一个套件。Pyrosetta是以Rosetta为基础创建的一个python包,可以使用Rosetta的功能,同时避免了Rosetta的编译问题,也可以更好地与其他python的脚本进行融合。本次workshop主要介绍Pyrosetta在集群上的安装、基本功能以及案例。
1.Pyrosetta简介
2.Pyrosetta的集群安装
3.Pyrosetta使用介绍
4.案例展示(Fastrelax,全原子/粗粒度蛋白对接)
欢迎感兴趣的老师同学前来参加~~
注:现场有实践操作,请自带电脑