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生命学院林照博组、黄行许组合作开发可安全应用于多能干细胞的先导/碱基编辑器

日期:2022-08-29文章来源:图书信息中心


76日,上海科技大学生命学院林照博团队与黄行许团队合作,在Molecular Therapy上报道了新版本先导编辑器(prime editor, PE的开发,并对其在胚胎干细胞中的应用做了测试及评估。810日,团队再次合作Molecular Therapy-Nucleic Acids在线发表研究论文,探索了腺嘌呤碱基编辑器 (ABE) 在多能干细胞的应用及安全性

多能干细胞能够无限期自我更新并分化成三个胚层细胞类型,这再生医学、细胞治疗、类器官研究等至关重要。在过去的十年中,基于CRISPR/Cas9的基因编辑技术及其脱靶在许多细胞株中已得到验证。但先前多能干细胞的研究发现, Cas9DNA的切割会造成DNA大片段的缺失以及p53突变细胞的富集。因此,开发新的基因编辑工具,对下一代干细胞的应用以及评估其安全性至关重要。

先导编辑工具可以在基因组中精确引入点突变小插入或小缺失,在多种遗传疾病的治疗中有着巨大的应用前景。然而,典型的先导编辑PE3系统效率较低,尤其是在原代细胞或多能干细胞中。为了解决以上困境联合团队前开发的ePE3工具的基础上进行了一系列优化系统p2PE3ePE3编辑效率类似

进一步研究发现p2PE3应用于人胚胎干细胞同时抑制DNA错配修复和DNA损伤反应可进一步提高先导编辑器在人胚胎干细胞上的效率。由于RNA聚合酶III类启动子无法进行可诱导或组织特异性表达,p2PE3则可以通过使用可诱导或组织特异性表达的启动子来实现。研究人员利用TRE3GS启动子通过诱导pegRNA的表达,在人胚胎干细胞上实现了可控的先导编辑。

8月发表的论文则腺嘌呤碱基编辑器 (ABE) 在多能干细胞的应用及安全性做了探索。ABE作为基因编辑工具之一,可以在基因组中实现A-to-G碱基替换。由于ABE极大地避免p53的激活,因此它更适合去矫正人类干细胞相关疾病突变。多能干细胞上与ABE脱靶效应相关的研究目前极度匮乏在多能干细胞上的安全性还有待商榷。

联合团队在多能干细胞中验证了三种降低ABE脱靶效应的策略,并将这几种方法组合,发现结合三种方法的编辑器CE-8e-dV的编辑效率并没有被影响,而RNA的脱靶效应则进一步降低。CE-8e-dV在多能干细胞中的安全性检测,未发现明显的sgRNA依赖性RNADNA脱靶效应。研究结果说明该编辑器在多能干细胞中具有较好的安全性。

在上述工作中,联合团队开发并评估了新的先导编辑器p2PE3及碱基编辑器CE-8e-dV在多能干细胞中的效率及安全性,为下一代干细胞应用添加了新的可用工具。两篇论文主要由上海科技大学助理研究员张振武博士与2019博士生黄诗圣、2021博士生陶皖豫作为共同第一作者完成林照博和黄行许为通讯作者

论文1Broadening prime editing toolkits using RNA-Pol-II-driven engineered pegRNA

链接https://www.cell.com/molecular-therapy-family/molecular-therapy/fulltext/S1525-0016(22)00423-3

论文2Engineering an adenine base editor in human embryonic stem cells with minimal DNA and RNA off-target activities

链接https://www.cell.com/molecular-therapy-family/nucleic-acids/fulltext/S2162-2531(22)00195-0