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【Workshop】高性能计算-生命学科-workshop

日期:2022-11-02文章来源:图书信息中心

【Workshop】高性能计算-生命学科-workshop

时间:2022.11.04(本周五) 14:00-16:00

地点:生命学院542

内容:

高性能常用软件-Rosetta/PyRosetta集群安装与使用简介 

一、Rosetta

Rosetta是计算结构生物学的重要软件,包含了蛋白质结构建模和分析的多用采样算法和打分函数,可以应用于蛋白质从头设计、酶设计、分子对接以及大分子复合物结构预测等领域。本次workshop主要介绍Rosetta在集群上的安装、基本功能,并会结合pymol的部分操作进行案例展示。

1.Rosetta简介

2.Rosetta的集群安装

3.pymol使用简介,input处理

4.案例展示(Fastdesign,蛋白对接,loop model)

二、PyRosetta 

Rosetta是常用的蛋白质结构建模和分析的一个套件。Pyrosetta是以Rosetta为基础创建的一个python包,可以使用Rosetta的功能,同时避免了Rosetta的编译问题,也可以更好地与其他python的脚本进行融合。本次workshop主要介绍Pyrosetta在集群上的安装、基本功能以及案例。

1.Pyrosetta简介

2.Pyrosetta的集群安装

3.Pyrosetta使用介绍

4.案例展示(Fastrelax,全原子/粗粒度蛋白对接)


欢迎感兴趣的老师同学前来参加~~ 

注:现场有实践操作,请自带电脑